نحن الآن في المراحل التأسيسية حيث نعكف على وضع خطة بحث علمي تربط مركز الأندلس للمعالجة بالبروتون مع الجامعات المحتملة في المنطقة مثل جامعات دمشق وحلب وتشرين والبعث، وغيرها من الجامعات الراغبة بالتعاون في الجوار.

تتكون خطة البحث أساسا من مرحلتين:

1 – خطة البحث الأولية: تغطي هذه الخطة الفترة التأسيسية للمشروع وهي من حيث المبدأ (8-10) سنوات، يتم فيها تأهيل الكادر البحثي بمشروعات ذات صلة وثيقة بالمعالجة بالبروتون.

2 - خطة البحث الرئيسية: وهي الخطة التي تبدأ مع وضع أول غرفة معالجة في الخدمة، وتستخدم إمكانات المركز بشكل فعلي. مع انتهاء الخطة الأولية، تكون الموضوعات قد نضجت بشكل كاف، والباحثون أصبحوا جاهزين لاستثمار إمكانات المركز بشكل فاعل.